Una semana en el Isaac Newton Institute

La semana pasada participamos en el workshop: Mathematical, Statistical and Computational Aspects of the New Science of Metagenomics. Fueron cinco dias intensos, de muchas y buenas charlas de metagenómica, nueva rama del mundo de la biología computacional que estudia el conjunto de genomas de un determinado entorno directamente a partir de muestras de ese ambiente, sin necesidad de aislar y cultivar esas especies.  IMG_7618El workshop, así como el resto de reuniones y sesiones que continuaran a lo largo de las próximas semanas, lo han organizado  Wally Gilks (University of Leeds), Daniel Huson (Universität Tübingen), Elisa Loza (Rothamsted Research), Gabriel Valiente (Universitat Politècnica de Catalunya) y Tandy Warnow (University of Texas at Austin) junto con el Isaac Newton Institute programme Mathematical, Statistical and Computational Aspects of the New Science of Metagenomics.

La idea de este programa es reunir investigadores de distintas ramas de la metagenómica para poner en común sus puntos de vista y discutir sobre el futuro de la metagenómica. Para ello, se ha dedicado la primera semana  de este programa a la explicación y puesta en común de los trabajos realizados por los distintos investigadores, para en las próximas semanas pasar a una lluvia de ideas, discusión y finalmente algunas conclusiones del trabajo futuro a realizar.

Durante la semana pudimos disfrutar de buenas y diversas charlas. Inició la sesión Meyer F. del Argonne National Laboratory (USA), titulada Lessons learned from operating a bit metagenomics resource, en la que pudimos disfrutar de una excepcional descripción de lo que ha sido la investigación en metagenómica por el momento y, sobretodo, de los retos y dificultades que conllevan la necesidad de utilizar bases de datos de gran magnitud.   El segundo día se dedicó enteramente al problema de ensamblaje de secuencias. Diversos conferenciantes mostraron los distintos algoritmos y técnicas usadas para dicho fin, poniendo de manifiesto las dificultades inherentes al ensamblaje dentro del mundo de la metagenómica.

El tercer día lo empezamos con una charla de E. Rubin, del Joint Genome Institut Lawrence Berkeley National Laboratory, (USA). Edward nos impresionó con una charla en la que cuestionó la separación en tres dominios de las especies y animó a los investigadores asistentes a usar las herramientas de la metagenómica para encontrar un nuevo dominio y nuevas especies, principalmente entre las bacterias y archaeas. Durante el resto del día, así como el día siguiente, tuvimos charlas también interesantes sobre metabolismo, proteómica y transcripción de distintas comunidades de microbios estudiadas desde el punto de vista de la metagenómica, con algunas conclusiones muy interesantes sobre los distintos ecosistemas estudiados y algunas aplicaciones médicas.

Tal y como se acostumbra a hacer en los workshops, el tercer día finalizó con una cena de gala, en la que tuvimos el placer de hablar tranquila y distendidamente con algunos de los participantes. La disposición del comedor, una gran mesa ovalada en la que estábamos sentados todos los comensales, posiblemente el hecho de que el comedor fuera la sala de lectura del Cambridge Union Society, e indiscutiblemente, la compañía de los comensales, hicieron que la velada fuera realmente agradable.

La tarde del cuarto día se dedicó a la presentación de distintas herramientas informáticas para la metagenómica, poniendo de manifiesto los retos alcanzados, pero también los objetivos que todavía no se han conseguido.   Finalmente, el último día de este workshop se dedicó, enteramente, a los métodos estadísticos que se han usado por el momento en el campo de la metagenómica. Además de algunas charlas de métodos de aprendizaje automático aplicados a la metagenómica, cabe destacar la charla de S. Holmes, de la Stanford University, en la que también trató cuales son la buenas prácticas de la estadística en bioinformática en general, y metagenómica en particular.

Aunque el workshop finalizó este pasado viernes, ahora quedan unas semanas para la discusión de todos los temas que se han tratado a lo largo de esta semana con el finalidad de obtener algunas conclusion es del trabajo futuro a realizar.mtgw01photo

Este viaje lo hemos hecho Lucia y yo. Además de disfrutar de muchísimas de las charlas y del buen nivel del workshop, también hemos intentado en las tardes-noches disfrutar de la maravillosa ciudad de Cambridge con la visita a algunos colleges, y muy especialmente a la espectacular capilla del King’s College. ¡Una semana francamente interesante!

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